Las compañías biotecnológicas argumentan que cuando los herbicidas son aplicados correctamente no producen efectos negativos ni sobre el hombre ni sobre el ambiente.
Los cultivos transgénicos a gran escala favorecen aplicaciones aéreas de herbicidas y muchos de sus residuos acumulados afectan a microorganismos como los hongos micorríticos o la fauna del suelo.
Pero las compañías sostienen que el glifosato se degrada rápidamente en el suelo y no se acumula en los alimentos, agua o el propio suelo.
El glifosato ha sido reportado como tóxico para algunos organismos del suelo, sean controladores benéficos como arañas, ácaros, carábidos y coccinélidos o detritívoros como las lombrices y algunas especies de la microfauna.
Existen reportes que el glifosato también afecta a algunos seres acuáticos como los peces y que incluso actúa como disruptor endocrinológico en anfibios. El glifosato es un herbicida sistémico y es conducido a todas las partes de la planta, incluidas las cosechables.
Esto es preocupante pues se desconoce exactamente cuánto glifosato se presenta en los granos de maíz o soja transgénicos, ya que las pruebas convencionales no lo incluyen en sus análisis de residuos de agroquímicos.
Es sabido que éste y otros herbicidas se acumulan en frutos y otros órganos dado que sufren escasa metabolización en la planta, lo que genera la pertinente pregunta acerca de la inocuidad de alimentos tratados, especialmente ahora que más de 37 millones de libras del herbicida son utilizadas solamente en los Estados Unidos (Risller y Mellon, 1996).